Isis dispone de diversos cursores que cambian dinámicamente para ayudar al usuario a identificar que acción se va a ejecutar al pulsar el botón del ratón. Los nuevos cursores son los siguientes: 
 
Diferentes cursorescursor estandar (forma de flecha), usado en el modo selección cuando no se encuentra sobre un objeto activo. 
 
cursor de colocación activo (lapiz blanco), usado en el modo colocación, cuando se pulse el botón del ratón se colocará el elemento seleccionado.
 
cursor de colocación activo para cables (lapiz verde), usado para inicar un cable o terminarlo al pulsar el botón del ratón.
 
cursor de colocación activo para buses (lapiz azul), usado para inicar un bus o terminarlo al pulsar el botón del ratón. 
 
cursor mano, usado para seleccionar el dispositivo bajo el ratón al pulsar el botón. 
 
cursor mano con cruz, usado para mover el dispositivo bajo el ratón (pulsando el botón) y posarlo en otro lugar del escritorio (soltando el botón). 
 
cursor segmento (doble flecha) para mover cables. 
 
cursor mano con recuadro para modificar las propiedades de un objeto.
 
Cuando el ratón se situa sobre un objeto, un pequeño recuadro de trazos aparece para señalizar qué objeto o bloque está activo. El uso conjunto de el remarque de los objetos y de los diversos cursores, hace que sea muy intuitivo qué acción se va a ejecutar y a qué elementos va a afectar.
 
Pulsar el botón derecho del ratón cuando se encuentra sobre un objeto generará la aparición de un menú contextual con las distintas acciones disponibles para ser ejecutadas sobre ese elementos concreto.